Phillies telah ditubuhkan pada 1883 dan secara tidak rasminya dikenali sebagai "Quakers" dan "Phillies" (versi pendek “Philadelphians”) sehinggalah mereka menggunakan nama "Phillies" secara rasmi pada 1890. Pada awalnya, pasukan ini bergelut untuk meraih kejayaan dan hanya layak ke playoff pada 1915 hasil prestasi pelempar terhebat sepanjang zaman, Grover Cleveland Alexander. Philadelphia menjual Alexander selepas musim 1917 dan pasukan ini mula memasuki tempoh kemerosotan yang berlarutan apabila ia menamatkan musim di tempat terakhir atau kedua terakhir di saingan National League (NL) dalam 24 daripada 30 musim berikutnya iaitu dari tahun 1919 sehingga 1947. Pada 1950, bintang outfielder Richie Asburn dan pelempar Robin Roberts membantu pasukan “Whiz Kids” Phillies untuk mara ke penampilan Siri Dunia pertama dalam tempoh 35 tahun sebelum mereka kecundang kepada New York Yankees.

Phillies berdepan dengan kemarau aksi di playoff selepas 1950. Dalam tempoh ini juga, Dick Allen yang merupakan pemain panas baran telah menjadikan pasukan ini lebih menarik. Pasukan ini mencapai titik pusingannya pada 1972 apabila bakal pemain Dewan Kemahsyuran iaitu Mike Schmidt dan Steve Carlton melakukan kemunculan sulung mereka bersama Phillies. Dengan bantuan pelempar unggul Carlton dan pukulan padu Schmidt, Phillies menempuh era paling cemerlang dalam sejarah pasukan apabila mereka meraih enam gelaran NL East antara tahun 1976 dan 1983. Pasukan ini juga mara ke Siri Dunia sebanyak dua kali pada tempoh ini dengan merangkul kejuaraan dunia pertama pada 1980. Pada tahun 1993, Phillies kembali ke Siri Dunia tetapi tewas kepada pasukan Toronto Blue Jays hasil pukulan home run dramatik oleh Joe Carter pada aksi keenam.

Phillies meninggalkan rekod yang tidak boleh dilupakan pada 2007 apabila mereka menjadi pasukan pertama dalam sejarah sukan untuk meraih 10,000 kekalahan. Tahun 2007 juga meninggalkan kenangan terindah apabila Phillies meraih gelaran NL East pertama dalam tempoh 14 tahun. Phillies mengulangi kejayaan tersebut pada 2008 dan mara ke Siri Dunia sambil pasukan tersebut dibarisi pelempar dominan seperti Cole Hamels dan Brad Lidge. Mereka menewaskan Tampa Bay Rays dalam lima aksi permainan untuk merangkul kejuaraan dunia kedua. Pada tahun 2009, Phillies memenangi pennant NL kedua berturut-turut tetapi mereka tewas kepada New York Yankees dalam Siri Dunia. Di antara tahun 2009 dan permulaan kempen 2011, pasukan ini memperoleh pelempar All-Star seperti Roy Halladay, Roy Oswalt dan Cliff Lee. Mereka bertiga berganding dengan Hamels membentuk barisan pelempar uggul telah membantu Phillies merekodkan 102 kemenangan pada 2011. Walau bagaimanapun, Philadelphia dikecewakan oleh pasukan St. Louis Cardinals dalam aksi pembukaan playoff.

Krisis kecederaan dan pemain yang meningkat usia telah memberi kesan kepada pasukan pada musim-musim berikutnya apabila Phillies terlepas aksi playoff pada tempoh berkenaan. Philadelphia kemudian membawa masuk outfielder Bryce Harper pada 2019 tetapi Phillies hanya menamatkan kempen dengan hanya rekod .500 semasa musim pertamanya bersama pasukan dan mereka sekali lagi gagal ke playoff. Phillies juga terlepas aksi postseason pada 2020 dan 2021. Namun begitu, pada tahun 2022, Philadelphia mara ke pusingan playoff sebagai pasukan Wild Card dan mengejutkan pasukan lawan sehingga mereka mampu ke Siri Dunia sebelum akur akan kekalahan kepada Houston Astros dalam enam perlawanan.